2011年4月，根據(jù)《國務(wù)院辦公廳關(guān)于印發(fā)建立和規(guī)范政府辦基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)基本藥物采購機(jī)制指導(dǎo)意見的通知》（國辦發(fā)〔2010〕56號(hào)）和《云南省深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室關(guān)于印發(fā)云南省2011年國家基本藥物和省補(bǔ)充藥品集中采購實(shí)施方案的通知》（云醫(yī)改辦〔2010〕39號(hào)）的精神，為進(jìn)一步規(guī)范云南省基本藥物采購藥款支付工作，保證基本藥物采購藥款支付體系安全、可靠、有效運(yùn)行，實(shí)現(xiàn)對(duì)基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)基本藥物采購藥款的統(tǒng)一支付，為人民群眾提供安全有效、價(jià)格合理的基本藥物，云南省衛(wèi)生廳、省財(cái)政廳、省人力資源和社會(huì)保障廳、省監(jiān)察廳、省審計(jì)廳、省招標(biāo)采購局制定印發(fā)了《云南省基本藥物集中采購藥款支付保障暫行辦法》（以下簡(jiǎn)稱《保障暫行辦法》）。
    《保障暫行辦法》中明確了各相關(guān)職能部門以及醫(yī)療機(jī)構(gòu)在基本藥物集中采購藥款支付中的職責(zé)。省級(jí)衛(wèi)生行政部門是我省基本藥物集中采購的主管部門，負(fù)責(zé)對(duì)全省基本藥物集中采購藥款支付過程進(jìn)行監(jiān)督和指導(dǎo)，協(xié)調(diào)解決衛(wèi)生系統(tǒng)付款中出現(xiàn)的問題；各州（市）級(jí)衛(wèi)生行政部門負(fù)責(zé)對(duì)轄區(qū)內(nèi)基本藥物集中采購藥款支付工作的領(lǐng)導(dǎo)，督促指導(dǎo)各縣級(jí)衛(wèi)生行政部門履行工作職責(zé)； 縣級(jí)衛(wèi)生行政部門負(fù)責(zé)撥付新型農(nóng)村合作醫(yī)療基金中用于基本藥物采購的藥款，并收取轄區(qū)內(nèi)的基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)采購基本藥物的藥款，匯總后向省招標(biāo)采購局支付藥款。財(cái)政部門負(fù)責(zé)合理安排、及時(shí)撥付新型農(nóng)村合作醫(yī)療、城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)等基本醫(yī)療保障經(jīng)費(fèi)，并加強(qiáng)基本藥物集中采購資金的監(jiān)督管理。人力資源和社會(huì)保障部門負(fù)責(zé)撥付城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)和城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)基金中用于基本藥物采購的藥款。監(jiān)察部門負(fù)責(zé)對(duì)衛(wèi)生部門、財(cái)政部門、省招標(biāo)采購局、人力資源和社會(huì)保障部門、基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)在基本藥物采購藥款支付過程中的履職行為進(jìn)行監(jiān)督和檢查，對(duì)違紀(jì)違規(guī)行為進(jìn)行責(zé)任追究。審計(jì)部門負(fù)責(zé)對(duì)省招標(biāo)采購局、縣級(jí)衛(wèi)生行政部門和基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)的基本藥物采購情況進(jìn)行審計(jì)，保證專款專用。省招標(biāo)采購局是基本藥物集中采購的責(zé)任主體，負(fù)責(zé)履行基本藥物采購的職能，并督促藥品供貨企業(yè)按照購銷合同及時(shí)供貨并配送到位。基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)按照相關(guān)要求和規(guī)定執(zhí)行基本藥物制度，及時(shí)準(zhǔn)確地將上年度使用基本藥物清單提交給同級(jí)衛(wèi)生行政部門、人力資源和社會(huì)保障部門，對(duì)采購的基本藥物進(jìn)行網(wǎng)上確認(rèn)及驗(yàn)收入庫，并將基本藥物采購藥款及時(shí)支付給縣級(jí)衛(wèi)生行政部門。
    《保障暫行辦法》中針對(duì)基本藥物集中采購制度實(shí)施啟動(dòng)初期，基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)墊付藥款資金不足的情況，采取提前預(yù)撥的形式，確?；鶎俞t(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)能夠及時(shí)支付藥款，并于年終結(jié)算時(shí)予以清算。具體規(guī)定是：由縣級(jí)衛(wèi)生行政部門、財(cái)政部門從新農(nóng)合基金中按參合人數(shù)人均10元的標(biāo)準(zhǔn)預(yù)付藥款，待收到基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)藥款后及時(shí)予以歸還。預(yù)付的藥款必須于2011年 9月30日前全部予以歸還。
    《保障暫行辦法》中對(duì)我省基本藥物集中采購藥款支付的程序和方法提出了要求。具體程序?yàn)椋嚎h級(jí)衛(wèi)生行政部門作為各縣范圍內(nèi)基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)的代表和主體，代表轄區(qū)內(nèi)的基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)與采購機(jī)構(gòu)簽訂授權(quán)或委托協(xié)議，匯總本縣的采購訂單向省招標(biāo)采購局支付基本藥物采購藥款。省招標(biāo)采購局作為采購主體按照授權(quán)和委托協(xié)議規(guī)定，向各縣衛(wèi)生部門收取藥款、接受采購訂單，代表基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)與供貨企業(yè)簽訂購銷合同，負(fù)責(zé)基本藥物的集中采購工作，經(jīng)基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)收貨確認(rèn)后，將各基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)基本藥物采購藥款統(tǒng)一支付給藥品供貨企業(yè)?！侗Ｕ蠒盒修k法》還明確了基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)、縣級(jí)衛(wèi)生行政部門、藥品供貨企業(yè)以及省招標(biāo)采購局的違約責(zé)任。